O Papa João XXIII, já no dia 15 de novembro de 1958, só onze dias depois de sua coroação, fez um vigoroso discurso aos membros do CELAM – Conselho Episcopal Latino-americano , pedindo-lhes um plano de ação realista, corajoso e perseverante. Três anos depois, a 8 de dezembro de 1961, o papa escreveu uma carta aos bispos da América Latina, insistindo de novo numa ação imediata e coordenada, pedindo que elaborassem planos de pastoral para atenderem às especiais condições da Igreja no continente. O papa já havia convocado o Concílio Vaticano II e vivia-se em clima de preparação para o grande evento eclesial.
A CNBB acolheu prontamente o pedido do Santo Padre e, na sua 5ª Assembléia Geral ordinária, de 2 a 5 de abril de 1962, discutiu e encaminhou as linhas do Plano de Emergência, o primeiro documento de planejamento pastoral para todo o Brasil elaborado pela entidade que, na época, tinha como presidente o cardeal Dom Jaime de Barros Câmara, Arcebispo do Rio de Janeiro, e como Secretário Geral Dom Helder Câmara.
O Plano de Emergência, que vigorou de 1962 a 1965, oferecia orientação sobre a pastoral de conjunto e tinha como objetivo a renovação da paróquia, a formação dos presbíteros, mas também estava orientado para a renovação das escolas católicas e para a realidade sócio-econômica. Os bispos tiveram um cuidado especial no conhecimento da realidade e na avaliação da situação social e eclesial. Na mesma época, era instituído o CERIS – Centro de Estatística Religiosa e Investigações Sociais para ajudar nesse discernimento.
A partir dessa experiência, em 1966, a CNBB lançou o PPC – Plano de Pastoral de Conjunto, à luz dos grandes documentos do Concílio Vaticano II. Durante os trabalhos do Concílio, os bispos brasileiros, residindo em Roma todos juntos, na “Domus Mariae” (Casa de Maria), tiveram excelentes oportunidades de assimilar as idéias e deliberações do Concílio e de ir preparando o 1º Plano de Pastoral de Conjunto. Este foi aprovado no dia 17 de novembro de 1965, ainda em Roma, consolidando o planejamento pastoral no Brasil.
O PPC (1966 a 1970) marcou profundamente o caminho pastoral da Igreja no Brasil e a própria organização e atuação da CNBB. Depois seguiram-se outros planos, todos sistematizados segundo as chamadas “seis linhas”, de acordo com a teologia do Concílio: 1- comunitário-participativa; 2- missionária; 3- bíblico-catequética; 4- litúrgica; 5- ecumênica e de diálogo inter-religioso; 6- sócio-transformadora. A atuação da CNBB e a organização dos trabalhos segundo o esquema das “seis linhas” durou até 1995.
A partir de 1975, a Igreja no Brasil não mais propõe um plano de ação em nível nacional. Passou a oferecer Diretrizes Gerais da Ação Pastoral, deixando os planos de ação para os níveis regional, diocesano e paroquial.
Novo enfoque foi dado às diretrizes, a partir de 1995, passando a ser chamadas de Diretrizes Gerais da Ação Evangelizadora. Com isso, pretendeu-se dar nova ênfase à evangelização, destacando-se a inculturação, a proposta de uma nova evangelização e as exigências intrínsecas da evangelização: serviço, diálogo, anúncio e testemunho de comunhão. As “seis linhas”, agora chamadas “dimensões”, continuam presentes em toda ação pastoral, construindo um trabalho coordenado, orgânico.
A história da CNBB é marcada também por diversos projetos: a Campanha da Fraternidade que se realiza, desde 1964, durante o tempo da Quaresma; a Campanha para a Evangelização, desde 1998, que se realiza durante o tempo do Advento; as Semanas Sociais, desde 1991; o Mutirão nacional para a superação da miséria e da fome, implantado em 2002; o Projeto de Evangelização da Amazônia, também implantado em 2002.
À luz das Diretrizes de 1995, assumindo o processo de preparação e celebração do Grande Jubileu dos 2000 anos do nascimento de Jesus, proposto pelo Papa João Paulo II, a CNBB aprovou o PRNM – Projeto de Evangelização Rumo ao Novo Milênio (1997-2000), lançado oficialmente em 1º de dezembro de 1996.
Visando a dar continuidade a esse trabalho pastoral, a CNBB aprovou outro projeto, para os anos 2001 e 2002: SINM – Ser Igreja no Novo Milênio, propondo um roteiro de reflexões e celebrações sobre a missão e a vida da Igreja hoje, à luz dos Atos dos Apóstolos.
Em 2003, aguardando as novas Diretrizes Gerais da Ação Evangelizadora e o novo projeto de evangelização, a CNBB adotou como tema de reflexão e evangelização “Ser cristão no novo milênio”, em continuidade ao SINM. As Cartas de Pedro foram os livros bíblicos inspiradores.
No final de outubro de 2003, durante reunião do Conselho Permanente da CNBB, foi lançado o novo projeto, dando seqüência às ricas experiências do PRNM e SINM e procurando responder às novas questões e necessidades pastorais. Foi o Projeto Nacional de Evangelização “Queremos ver Jesus – caminho, verdade e vida” (2004-2007), que teve como base as novas Diretrizes Gerais da Ação Evangelizadora da Igreja no Brasil, aprovadas na 41ª Assembleia Geral da CNBB, realizada de 30 de abril a 9 de maio de 2003. O novo projeto pretendeu enfrentar os três grandes desafios à evangelização: promoção da dignidade da pessoa, renovação da comunidade e participação na construção de uma sociedade justa e solidária.
E, no dia 26 de setembro de 2008, o Conselho Permanente da CNBB aprovou o novo Projeto Nacional de Evangelização, cujo tema é “O Brasil na Missão Continental” e o lema “A alegria de ser discípulo missionário”. O projeto visa colocar em prática os anseios do Documento de Aparecida e das Diretrizes Gerais da Ação Evangelizadora (DGAE) sobre a Missão Continental no Brasil.