A Igreja de Nossa Senhora da Boa Morte e Assunção, na cidade de Rio Claro, pertence à Paróquia São João Batista. No dia 14 de agosto de 2001, quando se comemorava o 136º aniversário da sua primeira bênção (ocorrida em 1865), Dom Eduardo presidiu solene concelebração para marcar a nova dedicação do templo, depois de ter passado por grandes reformas.
Essa cerimônia também marcou a elevação e instalação do Santuário Mariano Diocesano, tendo como reitor o Monsenhor Jamil Nassif Abib, pároco da Paróquia São João Batista. Monsenhor Jamil exerceu o ofício até 12 de fevereiro de 2006, quando assumiu como reitor, o Monsenhor Ronaldo Francisco Aguarelli. Desde o dia 24 de janeiro de 2015, Padre Antônio Portilho é o reitor do Santuário.
Além do aspecto histórico de ser o mais antigo templo da região em honra de Maria, outros fatores contribuíram para que a referida igreja fosse elevada a santuário, segundo o decreto de Dom Eduardo: o histórico papel desempenhado por ela, ao redor e a partir dela, nos movimentos religiosos da cidade, como a instituição das irmandades de Nossa Senhora da Boa Morte e Assunção (1858), de São Benedito (1885), de Nossa Senhora do Rosário (1906) e do Bom Jesus (1921) e conseqüente surgimento de comunidades onde hoje se encontram a igreja de São Benedito e a Matriz Bom Jesus; o notável e pioneiro centro de atendimento social implantado em seus anexos desde 1944, por Monsenhor Antônio Martins da Silva; a implantação do Centro Regional de Pastoral, desde 1990, do qual ela é parte integrante, como pólo formativo e evangelizador; as tradicionais manifestações de piedade mariana que fizeram dela o local de peregrinações no Ano Santo Mariano de 1988.
As imagens veneradas neste santuário, esculpidas em madeira, datam de meados do século 19 e foram totalmente restauradas, num belo trabalho artístico, o que, além de dar mais beleza ao templo, contribui para a piedade e devoção mariana.